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Esta historia se remota en la Ciudad de Fuyuki, de un joven estudiante Emiya Shiro, que perdió a su familia hace 10 años en un incendio que que consumió toda la zona, encontrado y salvado por Emiya Kiritsugo que lo adopta. Este hombre Kiritsugu decide contarle que es un mago y con el tiempo sera idolatrado por Shiro. Así Kiritsugu decide enseñarle a Shiro algunos aspectos de magia. Shiro decide cumplir los sueños de Kiritsugu que no pudo, convertirse en un Héroe Justiciero. 

Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un único deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos serán provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espíritu Heroico (Espíritus que en vida fueron grandes Héroes) invocado únicamente gracias al poder del Santo Grial. Shiro se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determinación de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.